'엔드 게임' 이후, 어벤져스의 설계자 '닉 퓨리'는 원하는 모습으로 변신할 수 있는 특별한 능력의 외계 종족 '스크럴'이 인간의 모습으로 지구 곳곳에 침투해 있다는 것을 깨닫게 되고, 이에 맞서 인류를 지키기 위해 지구로 귀환한다. 점점 더 거세지는 '스크럴'의 공격 속에서 설상가상 지명 수배 1순위가 되어버린 '닉 퓨리'는 누구도 믿을 수 없고, 믿어서는 안 되는 기밀 작전에 나서게 되는데...